最常见的漱口水副作用包括对口腔黏膜的刺激和口腔内的灼烧感。漱口水的味道会持续数小时，使食物尝起来有金属味、苦味或辛辣味。为了减轻口腔灼烧的副作用，可以使用味道更微妙的漱口水。有时，摄入大量的漱口水会导致更严重的副作用。这些症状包括恶心、呕吐、头晕、腹泻和头晕。
虽然不小心吞下少量漱口水一般不被认为是严重的，但故意饮用漱口水可能会造成严重的副作用，甚至可能会危及生命。漱口水的副作用可能包括失去意识，癫痫，甚至心跳停止，因为某些漱口水含有高酒精含量。这些副作用与饮用过量酒精饮料的副作用类似。
漱口水最令人不安的副作用之一是它可能增加咽喉癌和口腔癌的风险。这也是由于某些漱口水的酒精含量高。虽然可能需要更多的证据来确定两者之间的确切联系，但使用不含酒精的漱口水可能是谨慎的。漱口水的其他副作用包括刺激和脱落口腔组织，这是不舒服的，可能会为口腔感染甚至牙龈疾病奠定基础。
漱口水的好处包括它能够减少导致牙龈疾病和牙齿感染的口腔细菌。漱口水也可以帮助消除牙菌斑和口臭。使用含氟化物漱口水或漱口水的人蛀牙的风险可能更小。某些漱口水也可以缓解喉咙痛。用漱口水漱口可以帮助缓解感染引起的喉咙痛，但是，过于频繁地用含酒精的漱口水漱口可能会导致疼痛。
当漱口水出现副作用时，应该咨询牙科专业人士。他可以评估口腔组织损伤和讨论使用非酒精漱口水的口腔卫生。然而，一些牙科专业人士根本不建议使用漱口水，而是建议一个良好的口腔卫生计划，包括每天至少刷牙两次，两餐之间用牙线清洁牙齿。
