根据Heal With Food的说法，食用奇亚籽的可能的副作用包括血压下降，过敏反应和前列腺癌的风险增加。由于奇亚籽含有大量的omega-3脂肪酸，它们可以起到血液稀释剂的作用，对服用处方血液稀释剂或阿司匹林的人造成负面影响，可能导致大量出血。
在某些情况下，人们对正大种子过敏，食用它们会引起荨麻疹，皮疹或水汪汪的眼睛。在极少数情况下，某些人会对正大种子产生严重反应，导致呼吸困难和舌头肿胀。这种过敏与芥末过敏有关。对芥菜或其他植物过敏的人应避免使用奇亚籽。在其他人中，奇亚籽由于其高纤维含量而引起胃肠道不适。
根据WebMD的研究，奇亚籽中所含的α-亚麻酸含量高，已显示出罹患前列腺癌的风险增加。患前列腺癌风险增加的人应避免食用奇亚籽。由于在怀孕或母乳喂养期间食用奇亚对健康的影响的研究很少，因此建议避免在怀孕或母乳喂养时食用奇亚籽，以防止可能的不良影响。
WebMD解释说，正大种子是最初由阿兹台克人种植的小种子，如今已被用作补充omega-3脂肪酸和纤维摄入量的补充剂。这些种子经常被希望降低中风和心脏病风险的患者服用，因为已证明omega-3脂肪酸和纤维可降低这些疾病的风险。每天吃37克特定种类的奇亚籽(称为Salba)可降低血压。但是，没有足够的研究来确定最佳剂量的正大种子。建议有兴趣服用这种补充剂的患者在确定合适剂量时寻求医生的指导。
